一、沿革
馬祖防衛指揮部前身為五十軍,其一部五十四師於民國三十七年二月駐防青島,三十八年,大陸山河變色,國軍自浙、閩、粵各省轉進至舟山、大陳及台澎金馬基地,政府派五十軍所屬二○七師副師長周中峰上校率六二○團及六二一團進駐馬祖協同海巡處,戍守各島,展開各項防禦工事之興建,此為馬祖駐軍之始。
三十九年一月,三三九師一○一五團接替六二○團,副師長陳威那上校任指揮官,四十年一月,九十二師接替防務,師長李毓南少將任指揮官,接著第十三師入替,師長劉明奎兼指揮官,改隸台灣防衛警備總司令部。四十一年十一月,十八師由金門接防,師長孟述美兼指揮官,改隸金門防衛司令部。四十三年六月,六十九師二○五團配屬步兵二○六團第二營、四十二砲連、師砲兵營、反共救國軍第四十六支隊第三大隊等接替防務,師長何俊少將兼指揮官。
四十四年三月二十四日,八十四師配屬五十七師一七○團及砲兵、工兵、後勤單位進駐防區,成立馬祖守備區指揮部,下轄南竿東、西守備隊,白犬、北高、東引等五個守備隊,師長華心權少將兼首任指揮官,直屬國防部。
五十四年五月十六日,指揮部奉令改編為馬祖防衛司令部,雷開瑄中將任第一任司令官,轄東引、白犬、北高、南竿東西等五個守備區及浪島守備隊,本軍從此常駐馬祖,生死榮辱與共。八十二年一月成立北高、莒光指揮部,八十八年七月國軍「精實案」實施,防衛部將北高、莒光指揮部編成一九三、一九四旅,展開建軍另一新頁。
九十五年三月一日因應國防部組織調整,「馬祖防衛司令部」再改為「陸軍馬祖防衛指揮部」。
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